导致发生根腐病的原因主要是积水、潮湿，还有在分株时如果没有把根部的伤口处理好也容易使腐皮镰刀菌侵害，重茬栽植牡丹、地下害虫严重、移载时带土坨等都容易引起根腐病。从蛴螬啃噬以及其它发病原因上看，需要对应进行防治，所以在秋季翻土前，每亩撒施呋喃丹或甲基异柳磷3～5kg，翻土或翻耕时翻入土壤，种植时穴内再施入以上药3～5g，在成虫及成虫羽化期要治理成虫，牡丹根栽时要先晾晒，再把裸根放到可湿性甲基托布津600～800倍液、甲基异柳磷1000倍混合液中，浸泡2～3分钟再进行栽培。
紫纹羽病是牡丹的主要病害之一，也是根部病害，也叫黑疙瘩头病，春夏秋三季，随时都可能发病，病菌为桑卷担菌，雨季是发病盛期，尤其是新开垦的地、低洼潮湿的地、施用的生肥或重肥不当都容易引起。发病初始挨地面的茎枝、根部覆着像棉絮一样的紫色或白色菌丝，且枝条细弱、发芽迟、叶变小，出菌丝部位变为黄褐色，发展到后期会变成黑色，老根会腐烂，难以再生新根，牡丹会自上而下干枯死亡。