进行分株后，用硫磺粉和一些泥，然后涂抹分根时产生的伤口，并要注意擦匀，这时就可放心移栽了。分株的时间，最好在秋分～霜降这一阶段进行，这时候的气温、地温都还较高，牡丹处在半休眠状态，在后期还会进行很长时间的营养生长，此时分株对根部发展不会造成大的影响，还能促进增生一些新根，进而会增加株芽。但也不能分株过晚，否则根部当年生新根很少或很弱，或者不会增加新根，到来年春天，植株会很弱，更不耐旱，容易死亡。分株过早又容易引起秋发，消耗营养过多，枝条还不壮实。
不管是办公室装修装饰等工装，家庭装修装饰等家装中进行盆栽，还是庭院栽培牡丹，分株后的母株，都要尽量保留较多的根孽，新苗生发的根孽、也要全部保留，进一步可发展为5年生牡丹又会促生很多新苗，并且5年生壮苗产生的新苗更容易成活，生长的也很旺盛，而且是根越多生长的越旺。
嫁接繁殖的牡丹，所用砧木常为两种，其一是野生牡丹，其二为芍药根。而嫁接的方法也有嵌接法、腹接法、芽接法等三种，如果从成活率高低来说，用芍药根做砧木更容易成活，因为芍药根较软且没有硬心，又粗又短，这样积累的养料就多，成活后会很快展现出旺盛的生长势头，肥水等条件跟上，会使新嫁接的牡丹苗一直旺盛地生长下去。当用牡丹根做砧木时，因为其木质部较硬，需要较高的嫁接技术，但是用牡丹根做砧木一旦成活，其寿命会很长。