控制室内微生物污染的方法主要包括加强通风换气，采取空气过滤净化措施对空气进行消毒。
自然通风是控制室内微生物污染最简洁的办法，可以将室内的空气进行更换，达到降低每立方米体积内微生物的数量。公共场所和集中办公的场所，应该采用机械通风的方式使室内空气中的新风量达到相应的卫生标准的要求，也可以有效的降低是室内空气中微生物的含量。加强自然通风和机械通风还可以让室内的空气中微生物的表面水分迅速的蒸发，是的不耐干燥的微生物因为脱水而死亡或丧失感染的能力。
利用空气过滤净化器也能够起到过滤空气中微生物的目的。净化器主要通过过滤装置出去空气中含有微生物的粒子，降低空气中微生物的含量。有些空气净化器还配有紫外线、臭氧等杀菌装置，可以在过滤空气的同时杀死一部分空气中的微生物。
利用化学消毒剂和紫外线以及消毒装置能够有效杀灭室内空气中的微生物，达到洁净空气的目的。